Terzo episodio della serie reboot diretto da Justin Lin che approda nelle sale cinematografiche a partire dal 22 luglio 2016.
La narrazione riprende dopo la fine del viaggio quinquennale del capitano James Kirk. In particolare dopo tre anni, la Enterprise si ritrova a fare tappa presso la stazione spaziale di YorkTown che riceve una richiesta di aiuto dalla vicinissima nebulosa.
Di fronte a tale richiesta di aiuto il capitano Kirk decide di intervenire ma ben presto scoprirà essere una trappola e di essere atteso da forze oscure e ostili. Infatti appena giunti l’Enterprise subisce un duro colpo che la porta alla distruzione. L’equipaggio della Enterprise effettua allora un atterraggio di fortuna su un pianeta vicino.
Molto presto si scoprirà che a capo di questi attentati si nasconde un tiranno malvagio e ostile di nome Krall che cattura gli equipaggi delle navi che passano nelle vicinanze della nebulosa.
Scott, ingegnere capo dell’Enterprise viene soccorso da Jaylah, un’aliena precipitana anni orsono sempre a causa del tranello di Krall, che deciderà di aiutare i sopravvissuti della nave della Federazione.
Con l’aiuto della ragazza verranno liberati i membri dell’equipaggio dell’Enterprise catturato precedentemente da Krall e dai suoi sottoposti. Il capitano Kirk infatti scoprirà che il piano di Krall è quello di impossessarsi un antico manufatto alieno custodito sull’Enterprise che era stato recuperato da Kirk in una missione precedente. Attraverso questo manufatto, Krall vuole scatenare lo sciame di navi aliene sotto il suo controllo sulla stazione Yorktown per causare il maggior numero di vittime possibile.