Una nuova avventura per Ledo e i suoi compagni della Gargantia, una nuova verità viene alla luce.
La storia riprende non molto tempo dopo gli avvenimenti della trama principale: anche dopo aver perso il suo fidato compagno Chamber, Ledo continua a lavorare per aiutare quella che ormai è diventata la sua nuova famiglia, la flotta della Gargantia. La vicenda è incentrata su un nuovo personaggio, Leema, una ex-componente della flotta di Kugel, che dimostra un particolare interesse per le vicende del protagonista e di Chamber. Si verrà poi a sapere che questo interesse ha ovviamente un suo fine. Infatti, la ragazza non è chi dice di essere, ma un membro di un'altra flotta mandata in incognito per indagare su Ledo e per portare avanti una ricerca su un'antica arma ritrovata dalla sua gente. Tuttavia, dopo essere entrata in contatto con gli abitanti della Gargantia, in particolare con Amy, e dopo essersi ritrovata in un ambiente ben diverso da quello della sua terra natia, Leema avrà modo di rivedere le sue scelte, mentre comincia ad avere i suoi primi ripensamenti.