Il film si articola in quattro parti. La prima si svolge nella preistoria africana di 4 milioni di anni fa quando un gruppo di ominidi, entrati in contatto con un monolito nero comparso misteriosamente di fronte alla loro caverna, cominciano a saper usare gli strumenti per la caccia e a combattere i propri nemici per avere il predominio.
Con un salto cronologico notevole, ci troviamo nel 1999 – un anno davvero lontano se pensiamo che il film è stato girato nel 1968 – quando l’americano dottor Heywood Floyd è chiamato su una base lunare, in quanto presidente del Comitato Nazionale per l’Astronautica, per analizzare un grande monolito nero che fino ad allora era rimasto sotterrato. Durante un sopraluogo all’alba, alcuni astronauti vengono colpiti da alcuni raggi riflessi sul monolito inoltrando un segnale radio che era rimasto latente per milioni anni.
La terza parte del film si svolge nel 2001 quando cinque astronauti (tre dei quali in ibernazione) si mettono in viaggio verso Giove, guidati da un’intelligenza artificiale HAL9000 – la quale è l’unica ad essere a conoscenza del vero scopo della missione. Il peso del segreto porta il computer ad avere delle interferenze al proprio interno fino a quando, prima uccide un membro dell’equipaggio e poi dà segni di regressione all’età infantile.
Nell’ultima parte i sopravvissuti della spedizione atterrano su Giove e, trovandosi di fronte al gigantesco monolito nero, uno di questi (Bowman) prova ad avvicinarvi venendo però risucchiato fatalmente. Seguono una serie di scenari e di ambientazioni alterate nello spazio tempo, in cui l’uomo si vede invecchiare fino ad evolversi in una forma di vita superiore.
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